18 mars 2008
La thèse dans les étoiles
ADNg TTACCTTGATCATCAATTTTCCCGTGGTCAAGTCGTTTTTACAATCATGGGTCTGGGCAA 600
D21003 TTACCTTGATCATCAATTTTCCCGTGGTCAAGTCGTTTTTACAATCATGGGT-------- 267
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ADNg AGTGTAAGTTGCGATCCGGCTGAAATATGCACCCAGTTATGCTAACTTGCACAGTGCTGT 660
D21003 ----------------------------------------------TTGCACAGTGCTGT 281
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ADNg CCGCATACGCGGCGCCGAGTGCGGTATCGAAGCCATCATTCTTGGTGTGATCACGTCCAT 720
D21003 CCGCATACGCGGCGCCGAGTGCGGTATCGAAGCCATCATTCTTGGTGTGATCACGTCCAT 341
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La thèse, c'est avoir pleins d'étoiles où on veut,
et pas d'étoile comme on voulait... mais pas là où on s'y attendait
29 février 2008
Couleur...
La thèse, c'est aussi pleins de couleurs pop-art
07 février 2008
La thèse...
Intellectuellement parlant...
C'est physique...
(sic)
05 février 2008
Trèfle OrnementaL... Bis et répétita...
Mon ami le trèfle n'est plus seul.
Déjà un autre compagnon Trèfle avait poussé pour lui tenir compagnie;
Puis de passage à la serre pour me ravitailler en vermiculite et terreau, j'ai ramené 3 petits chlorophytums
Parce que mon bureau le vaut bien...
01 février 2008
Thèsard en mission...
Ma mission, et j’ai été obligé de l’accepter, fut, d’aller 1 semaine, à Po*tiers pour faire une mannip’ de dosage par HPLC…
Une semaine pendant laquelle j’ai logé en Coté U ! Retour aux sources, cela me rappellera les Premières année de DEUG !
Po*tiers, qu’on se le dise, quand on connaît personne, il y a rien à faire (puis il y fait très froid!)! Mais alors rien du tout ! Surtout que la cité U est près de la fac et loin de tout (comprenez que je me suis fait chier comme 1 ragondin mort). La sortie de la semaine, autant dire le pic principal d’activité, fut un repas au Qu*ck situé à 1 quart d’heure à pied.
La partie épique de ce morose séjour fut la prise de douche !
J’ignore si depuis mes premières années de fac, j’ai acquis des goûts de luxe, mais celle de cette cité U sont pour le moins merdiques !
Ma première tentative eu lieu dans une cabine de douche en contre plaquée si petite qu’il fallait se contorsionner pour passer la porte (pas de pitié pour le quintal). Un fois dedans, on note 1 seul portoir pour ta serviette est tes fringues avec 2 accroches. Le jet de douche est tellement entartré que 50% des jets d’eau partent dans toutes la cabine et l’autre moitié est concentré sous le mitigeur. Si bien qu’a chaque tentative pour se mettre sous le jet principal, on éteint l’ea
u ou on augmente l’eau chaude. Quand vous vous sentez propre ou que l’alternance de brûlure et eau éteinte a fini de vous lasser, vous attrapez votre serviette pour vous rendre compte que absolument tous ce qui se trouvait dans la cabine est trempe…
Fort de cette première expérience, j’ai testé une deuxième douche. Cette fois ci la porte était tellement voilée que, de la douche, on voyait parfaitement ce qui ce passait dans le couloir… Je vous laisse imaginer ce qu’on pouvait voir du couloir…
J’ai peut-être un peu vieilli, mais j’avais pas souvenir que les cité U était si précaire…
21 janvier 2008
Trèfle Ornemental...
Hm il est grand temps de faire un petit tour à la serre pour revoir la flore de mon bureau...
Quoi que le trèfle porte chance !
Seulement si il a quatre feuilles ?
... dommage...
Remarque, ça se modifie du trèfle?
...
11 janvier 2008
Check point Après 4 mois…
Voilà environ 4 mois que j’arpente la paillasse en tant que Thésard. Temps au bout duquel il est temps de
faire un petit point. Ce fut le sujet de ma réunion avec mon staf d’encadrement (directeur de thèse et principal encadrant).
On prend point par points les principaux axes de recherche du moment :
° Extraction de caramel sécrété par un mon champi (Cinétique d’excrétion de mannitol) : Bon pour dosage ! Une semaine en déplacement à Poitiers (youhou !) incessamment sous peu…
° Cinétique d’inoculation de radis et d’Arabidopsis : ça a poussé, j’ai inoculé, ça été malade, j’ai congelé, j’ai extrait l’ARN maintenant faut virer l’ADN contaminant… C’est en bonne voie… Next point ? quel profil d’expression ? quels gènes cibles ?
° Savoir si mon gène de transporteur transporte bien et si oui, s’ il transporte ce qu’on veut et quand on veut… Bèh… euh… comment dire ? … Toujours pas réussi à le séquencer… Point merdé total… Reprendre ce projet à zéro… Et putain, on va pas se faire emmerdé par un séquençage !
° Génération de mutants : La fusion marche ! on a les bonnes constructions pour les trois gènes ! reste à passer sur taq phusion (amplification sans erreur), purifier et muter ! Vive la mutagenèse dirigée !
Remarque générale : Améliorer mon organisation ! (quoi qu’il y a dans quel tube, où, quand, comment ?)
07 janvier 2008
Parce que je m'en sers pour extraire l'ARN
| Symbole(s) : T | Type de danger(s) : Toxique |
| Toxique Phrase(s)-R : 24/25-34 Toxique par contact avec la peau et par ingestion. Provoque des brûlures. | Phrase(s)-S : 28-45 Après contact avec la peau, se laver immédiatement et abondamment avec du polyéthylèneglycol 400, rincer avec beaucoup d’eau. En cas d’accident ou de malaise consulter immédiatement un médecin (si possible lui montrer l’étiquette). |
| Formule brute : |  |
Un Ependorf, ça peut glisser... (sic)...
14 décembre 2007
La FusiOn PCR...
... Ou comment faire des mutants en mettant bout à bout des morceaux d’ADN ?
Tout comme le célèbre sorcier à cicatrice et lunette, en thèse, on apprend plein de nouveaux sorts pour bidouiller l’ADN !
Le dernier en date est magique ! Il s’agit de la fusion PCR ! Le principe est simple :
On prend de l’ADN de champignon innocent tout ce qui a de plus normal. On lui arrache un gène à l’aide de PCR. Ce gène, comme on est sadique, on le coupe en 2 morceaux et on range tout ça au congelo.
Ensuite on prend un gène de sélection que l’on coupe aussi en 2 (qu’est ce qu’on rigole).
On colle alors le 1er morceau du gène du champignon avant le 1er morceau du gène de sélection et le second morceau du gène de champignon après le 2eme morceau du gène de sélection (vous suivez ?).
On mélange le tout, on PCR le tout 2 fois… et magie ! par fusion on obtient le gène d’origine du champignon coupé en 2 par le gène de sélection !!
Vous me direz, c’est super, mais ça t’avance à quoi ?
Et bien je vous répond : ça avance la recherche ! le produit de fusion va être réintroduit dans un champignon innocent à qui on aura bouffé la paroi avec des enzymes (un protoplaste).
Comme le champignon est naïf, il va rejeter son gène d’origine pour le remplacer (double crossing-over pour ce qui aiment les noms barbares) par notre produit de fusion !
On obtient alors un MUTANT ! (oui, oui, on peut aussi dire OGM…) qui n’exprime plus sont gène d’origine mais à la place un gène de sélection !!
Quoi, encore à quoi ça sert ?
Ça c’est une autre histoire…
01 décembre 2007
Apartheid Fongique
Nous autres chercheurs en biologie, notamment en biologie végétale, nous tenons que trop rarement en compte le contexte géopolitique de notre matériel biologique !
Mon modèle d’étude soufre pourtant d’un problème sociologique. En effet celui-ci est incapable de se reproduire sexuellement. Lorsque 2 individus colonisent une même boîte de culture, on observe alors une ségrégation, une volonté commune de non-mixité.
« Chacun de son coté et les conidies seront bien gardées. »
Affligeant…